Документальный фонд музея насчитывает более двадцати восьми тысяч музейных предметов по истории освоения и развития региона и охватывает хронологические рамки с нач. XVIII века по настоящее время.
Основу фонда составляют документы, поступившие из семейных архивов жителей Колымы и Чукотки различных профессий. Сформированы тематические комплексы материалов по истории геологического освоения, развития письменности народов Северо-Востока, о предприятиях города и области, ныне прекративших свою деятельность.
Среди дореволюционных материалов особую ценность представляют ясачные квитанции, документы тунгусских родов и др.
