В коллекции хранятся графические работы художников города Магадана, Магаданской области, Чукотки, Дальнего Востока и других регионов России, многие из которых являются лауреатами Государственных премий, удостоены Почетных званий «Народный художник РФ» и «Заслуженный художник РФ».
В 1980-е годы по распоряжению Министерства культуры РСФСР в музей были переданы художественные произведения авторов из других регионов страны, существенно пополнившие музейную коллекцию графики.
В настоящее время коллекция насчитывает более четырех тысяч графических работ, выполненных художниками-графиками в различной технике: рисунок карандашом, акварель, уголь, пастель, гравюра.